自由佛学院所学课程以《普贤上师言教——大圆满前行引导文》为纲，次第学习五部大论及其他佛教经典（包括大小五明），以讲、辩、著结合的学习方法，使得佛法渐渐真正融入我们的自相续。

自由佛学院五年制学习内容

一年级：《普贤上师言教——大圆满前行引导文》之外前行部分， 华智仁波切；
            《佛子行三十七颂》，土美仁波切；

二年级：《普贤上师言教——大圆满前行引导文》， 华智仁波切；

三年级：《阿毗达磨俱舍论》，世亲菩萨造，玄奘法师译；
            《三戒论》，班玛旺嘉尊者造，索达吉堪布译；

四年级：《中论》，龙树菩萨造，鸠摩罗什译；
            《量理宝藏论》，萨迦班智达 根嘎嘉村造，索达吉堪布译；

五年级：《现观庄严论》，弥勒菩萨造，法尊法师译；
            《入菩萨行论》，寂天菩萨造，如石法师译；

参考书目：

一年级：《大圆满心性休息》、《前行广释》

二年级：《大圆满心性休息》、《前行广释》

三年级：《俱舍论讲记》（索达吉堪布）、《俱舍论释》（索达吉堪布）、《俱舍论讲记注疏》（圆晖法师著、智敏上师讲）、《三戒论释》（索达吉堪布）；

四年级：《中论讲记》（索达吉堪布）、《量理宝藏论释》（索达吉堪布）；《中观甚深心要善说——龙树意趣庄严论》（更敦群培）

五年级：《现观庄严论》注疏（麦彭仁波切）、《现观庄严论》略义（华智仁波切）、《现观庄严论》总义·修行次第略说（华智仁波切）、《入行论广释》（索达吉堪布）；

其他大五明、小五明的经典。